Кафедра хирургической патологии с десмургией и учением о вывихах и переломах (общей хирургии) была организована в 1911 г. и в августе этого года ее заведующим был назначен приват-доцент Императорского Казанского университета доктор медицины Виктор Леонидович Боголюбов. Профессор В. Л. Боголюбов читал лекции по хирургической патологии с десмургией и учением о вывихах и переломах. Разрабатывалось учение об анестезии, асептике и антисептике, учение о ранах, инфекция ран и хирургические инфекционные болезни. Практические занятия по десмургии проводились в городской больнице. В 1912 г. в число приват-доцентов Николаевского Университета по кафедре хирургической патологии были приняты доктора медицины Владимир Иванович Лисянский и Нил Васильевич Копылов. В 1912 г. для клиники в главном корпусе городской больницы были предоставлены палаты на 10 коек на первом этаже и комната под лабораторию.
В 1913 г. в связи с переходом профессора В. Л. Боголюбова в Казанский университет преподавание на кафедре хирургической патологии (общей хирургии) велось профессором Василием Ивановичем Разумовским и приват-доцентом Н. В. Копыловым. Первый прочел курс учения о вывихах и переломах, а второй — общий курс хирургической патологии. Лекции читались в помещении Института экспериментальной медицины (2-й корпус университета). В это же время приват-доцент В. И. Лисянский проводил практические занятия по хирургической патологии в бывшей Александровской больнице (ныне 2-й городской клинической больнице). В 1914 г. было закончено строительство отдельной пристройки к городской больнице с аудиторией, отдельной операционной и лабораторией, предназначенных для нужд кафедры. Чтение лекций сопровождалось демонстрацией больных, которые содержались на койках, предоставленных кафедре городской больницей.
31 марта 1914 г. заведующим кафедрой общей хирургии был избран ассистент клинического военного госпиталя, приват-доцент Императорской Военно-медицинской академии, доктор медицины, надворный советник Сергей Романович Миротворцев. Клиника общей хирургии в то время представляла собой небольшую палату на 11 коек, расположенных в 1-й городской больнице. Операционная была общей с кафедрой факультетской хирургии, возглавляемой профессором А. Б. Араповым. Целеустремленность С. Р. Миротворцева позволила ему за короткий срок создать на кафедре лабораторию, которую удалось устроить в здании теоретических корпусов университета. Им же были организованы операционная для животных, виварий, маленькая ботаническая оранжерея, патологоанатомический кабинет и музей военно-полевой хирургии. Летом 1914 г. профессор С. Р. Миротворцев уехал на фронт, а преподавание на кафедре общей хирургии продолжили профессор В. И. Разумовский и приват-доцент В. И. Лисянский. Профессор В. И. Разумовский прочитал также курс военно-полевой хирургии с учением об огнестрельных ранах.
С 1920 по 1930 гг. кафедрой руководил профессор В. И. Разумовский. В этот период кафедра общей хирургии с пропедевтической клиникой на 60 коек помещалась на территории 2-й городской клинической больницы в небольшом корпусе, где в настоящее время размещается инфекционное отделение. Клиника была недостаточно оснащена инструментарием, отсутствовало необходимое оборудование операционной и перевязочной, отсутствовали стерилизационная и учебные комнаты. Период заведования кафедрой общей хирургии профессором В. И. Разумовским можно считать временем ее становления и расцвета. В это время был сформирован работоспособный коллектив хирургов и педагогов, из которого впоследствии вышло много прекрасных врачей и преподавателей. Клиника, руководимая профессором В. И. Разумовским, была единственным учреждением, где оказывали неотложную хирургическую помощь населению Саратова и Саратовской губернии. В этот период было написано 239 работ, организовано около 30 клинических конференций по различным темам общей и частной хирургии. Из студенческого кружка кафедры той поры вышли известные хирурги Е. Н. Воскресенский, Н. И. Голубев, Н. В. Герасимов, А. Я. Демидов, Л. В. Давидсон, Г. В. Леонов, В. В. Крапивин, Б. А. Никитин, С. П. Шиловцев, В. Н. Чернышев и др. В клинике общей хирургии В. И. Разумовский подготовил 10 докторов и кандидатов наук, среди которых — С. Х. Архангельский, А. Г. Бржозовский, С. Л. Колюбакин, Н. Н. Назаров, С. П. Шиловцев, А. А. Козырев и др. Совершенно заслуженно после смерти В. И. Разумовского в 1935 г. его имя присвоено кафедре общей хирургии Саратовского медицинского института.
С конца 1930 гг. в институте была проведена реформа преподавания: введены конвейерная система и бригадно-лабораторный метод обучения, в медицинских институтах был также введен 4-летний курс обучения, и весь курс хирургии преподавался в одной клинике и на одной кафедре. В этот период прекратили свое существование факультетские хирургические клиники, упразднена была и кафедра общей хирургии. Студенты изучали на одной кафедре в течение первого года общую хирургию, а затем в течение второго года — частную.
В 1933 г. конвейерная система и бригадно-лабораторный метод обучения были признаны порочными и отменены. С января 1935 г. под руководством доцента Исаака Моисеевича Рабиновича вновь была организована кафедра общей хирургии с клиникой на 40 коек на базе гнойного отделения 1-й клинической больницы. В 1937 г. кафедра общей хирургии была переведена в 1-й корпус 2-й клинической городской больницы, что привело к улучшению материально-технической базы клиники. Число обучавшихся на кафедре студентов в это время не превышало 30; несмотря на это, продолжились интенсивные научные исследования и за период с 1937 по 1940 гг. были защищены 4 диссертации.
Во время Великой Отечественной войны все ассистенты были мобилизованы и трудились в различных госпиталях и на передовой. Ведущими хирургами эвакогоспиталей в г. Саратове работали ассистенты кафедры А. А. Крылов и А. Д. Зайцев. К преподавательской работе в этот период были привлечены врачи Е. А. Алексашина, Л. П. Блюмштейн, Н. К. Рязанцева, Д. М. Садовский, доцент С. М. Эйбер. Научные исследования касались важных проблем лечения ожогов, анаэробной инфекции, гексеналового наркоза. За этот период сотрудниками было опубликовано около 30 журнальных статей.
В феврале 1949 г. руководителем клиники был назначен профессор Иван Минаевич Поповьян, который в сентябре этого же года, после смерти академика С. Р. Миротворцева, возглавил факультетскую хирургическую клинику.
Руководство кафедрой общей хирургии было возложено на доцента Исаака Моисеевича Рабиновича, а после его смерти в 1952 г. — на доцента Павела Львовича Рапопорта.
С 1952 по 1956 гг. кафедрой руководил профессор Иван Александрович Полиевктов. Под руководством профессора И. А. Полиевктова в хирургическом отделении клиники стали чаще выполнять такие сложные операции как гастрэктомия, и больше внимания отводили вопросам травматологии и ортопедии. Были предложены новые методы лечения переломов лучевой кости, лодыжек, костей таза, изучались вопросы течения и реабилитации послеоперационного периода.
С сентября 1956 по 1966 гг. кафедрой общей хирургии руководил доцент Николай Васильевич Герасимов. В это время некоторые разделы общей хирургии более часто стали изучать непосредственно у постели больных, в перевязочных и операционных. Студенты самостоятельно дежурили в клинике неотложной хирургии, принимали участие в плановых и экстренных операциях. В этот же период на кафедре общей хирургии был организован и стал работать самостоятельный студенческий кружок, где занимались студенты 3—6-го курсов. С 1959 г. клиника общей хирургии занимала весь главный корпус 2-й клинической больницы. В этот период были организованы клиническая лаборатория, кабинеты функциональной диагностики, физиотерапии, механотерапии; улучшились также условия для преподавательской работы. Н. В. Герасимов способствовал разработке и внедрению в практику новых методов исследования при операциях на желчных путях и поджелудочной железе.
С 1967 по 1978 гг. кафедрой общей хирургии руководил доктор медицинских наук, профессор Андрей Васильевич Бельский. В 1970 г. из состава клиники было выделено травматологическое отделение, на базе которого была открыта вновь созданная кафедра ортопедии и травматологии под руководством профессора А. Е. Аболиной. Следует отметить, что в этот период клиника общей хирургии была развернута на базе планового хирургического (60 коек), гнойного (60 коек), экстренного (60 коек) и нейрохирургического (40 коек) отделений.
В 1978 г. кафедрой руководил доцент Рафаэль Васильевич Кузнецов. В этом же году произошло разделение единой кафедры общей хирургии по факультетам.
С 1978 по 1992 гг. кафедру общей хирургии педиатрического факультета возглавлял профессор Борис Иванович Никифоров, а кафедрой общей хирургии лечебного факультета заведовал профессор Николай Яковлевич Кабанов. Основными научными направлениями кафедры общей хирургии лечебного факультета явились разработка проблем лечения патологии поджелудочной железы и желчевыводящей системы, язвенной болезни, а также некоторые вопросы гнойной хирургии. При выполнении хирургических операций на желудочно-кишечном тракте были внедрены отечественные сшивающие аппараты, позволившие сократить число послеоперационных осложнений и летальность. В этот период на кафедре общей хирургии лечебного факультета работали профессор Н. Я. Кабанов, доценты Р. В. Кузнецов, Е. И. Денисюк; ассистенты канд. мед. наук Р. Е. Клокова, канд.мед.наук Е. С. Кулешов, канд.мед.наук Е. Ю. Осинцев, канд. мед. наук В. Ф. Казаков, канд. мед. наук В. А. Прохницкий, Е. И. Флегонтов, Д. А. Кедров, Ю. Г. Саухин.
Организатором и руководителем кафедры общей хирургии педиатрического факультета стал доктор медицинских наук, профессор Борис Иванович Никифоров. Под непосредственным руководством профессора Б. И. Никифорова и при большом личном его участии были построены учебные комнаты и помещения на новой базе кафедры в Областной больнице № 2. Основными направлениями работы кафедры явились разработка методов диагностики и лечения заболеваний и травм органов брюшной полости, лечение заболеваний печени и желчевыводящих путей, вопросы эндоскопической хирургии. Кафедра явилась пионером внедрения в практику здравоохранения в Саратовской области эндоскопических методов диагностики и оперативных вмешательств. В работу клиники были внедрены методы экстракорпоральной детоксикации. Впервые в Саратове на базе кафедры общей хирургии педиатрического факультета были освоены эндоскопическая ретроградная панкреатохолангиография, эндоскопическая папиллосфинктеротомия и эндоскопические холецистэктомия и аппендэктомия. В этот период на кафедре работали профессор Б. И. Никифоров, доцент В. И. Кац, ассистенты канд. мед. наук Б. П. Бородулин, канд. мед. наук Б. К. Мышкин, канд. мед. наук А. Н. Карпочев, канд. мед. наук В. А. Прохницкий, канд. мед. наук Г. Б. Машаров, канд. мед. наук Ю. П. Аверьянов.
В 1992—1993 гг. после ухода профессора Б. И. Никифорова на пенсию кафедрами общей хирургии педиатрического и лечебного факультетов руководил профессор Н. Я. Кабанов.
С сентября 1994 г. заведующим кафедрой общей хирургии педиатрического факультета был назначен доктор медицинских наук Григорий Аврамович Блувштейн.
В 1995 г. кафедра общей хирургии вновь снова стала единой для лечебного и педиатрического факультетов, а в 1998 г. объединена еще с кафедрой хирургических болезней и интернатуры стоматологического факультета. Тогда же была сменена и клиническая база кафедры: из Областной клинической больницы она была переведена во 2-ю городскую клиническую больницу. Возглавил объединенную кафедру доктор медицинских наук, профессор Г. А. Блувштейн. Лечебной и учебной базой кафедры были четыре отделения 2-й городской клинической больницы: плановое хирургическое (40 коек), гнойное (50 коек, из них 10 гнойных торакальных), торакальное (40 коек) и кардиохирургическое (40 коек) отделения. Развернуты три городских Центра: хирургической гастроэнтерологии, грудной и сердечной хирургии. Основными направлениями научных исследований кафедры были вопросы хирургии печени и внепеченочных желчных путей, поджелудочной железы, желудка и кишечника, эндоскопической хирургии. Впервые в Саратове на кафедре общей хирургии под руководством профессора Г. А. Блувштейна были выполнен целый ряд таких эндоскопических операций как резекция сигмовидной кишки, передняя резекция прямой кишки, правосторонняя гемиколонэктомия, эндоскопическая ампутация матки с придатками и экстирпация матки с придатками, спленэктомия, наложены билиодигестивные и межкишечные анастомозы; был внедрен однорядный непрерывный кишечный шов при операциях на желудке, тонкой и толстой кишках с применением современного рассасывающегося шовного материала.
В октябре 2007 г. решением Учёного Совета университета произведена реорганизация хирургических клиник, в результате которой произошло объединение коллективов кафедры общей хирургии и госпитальной хирургии педиатрического факультета. Руководителем нового коллектива кафедры общей хирургии стал профессор, доктор медицинских наук Заслуженный врач РФ Юрий Григорьевич Шапкин, который с 1997 по 2007 гг. возглавлял кафедру госпитальной хирургии педиатрического факультета.
Под руководством профессора Ю. Г. Шапкина защищены 13 кандидатских (С. В. Капралов, С. Н. Потахин, В. В. Масляков, Д. В. Сафронов, С. Е. Урядов, С. Ю. Берёзкина, А. В. Климашевич, Р.Ю. Чалык, Н. Ю. Стекольников, Г.В. Ливадный, А. В. Беликов, В.А. Гришаев, Д.В. Старчихина) и 3 докторские диссертации — С. В. Капралов, В. В. Масляков, С.Н. Потахин. 1 кандидатская диссертация находится на утверждении в ВАК (И.А. Халеев).
Ю.Г. Шапкин является автором 532 печатных работ : 20 монографий, 23 изобретений, 415 научных и 73 учебно-методических, свидетельства (1) о государственной регистрации программы для ЭВМ. Индекс Хирша – 16 (по РИНЦ – 16).
Шапкин Ю.Г. является заслуженным врачом РФ (2003). За многолетнюю лечебную и научную деятельность, заслуги в развитии областного здравоохранения профессор Ю.Г. Шапкин награжден нагрудным знаком «Отличник здравоохранения» (2010), наградным крестом «Защитнику Отечества 1 степени» (2004), «Почетным знаком МЧС России» (2010), медалью МЧС России «За содружество во имя спасения» (2010), Благодарственным письмом (2000) и Почетной грамотой Саратовской областной Думы (2010), Почетной грамотой губернатора Саратовской области (2015), нагрудным знаком «Медаль им. В.И. Разумовского за заслуги перед СГМУ» (2019), Почетной грамотой Председателя Правительства Саратовской области (2020), Почетной грамотой Министра здравоохранения Саратовской области (2020). Лауреат премии для научно-педагогических работников образовательных организаций высшего образования «Высота» в 2020 году. Министерством здравоохранения Российской Федерации награжден Медалью «За заслуги перед Отечественным здравоохранением» (2021).
Шапкин Ю.Г. является членом Ученого совета СГМУ, членом Президиума Ученого совета СГМУ, Ученого совет педиатрического факультета, членом проблемной комиссии СГМУ по хирургии, членом диссертационного совета Д. 212.278.08 ФБГОУ ВО «Ульяновский государственный университет». Является членом редакционного совета журнала «Вестник хирургии им. И.И. Грекова», членом редакционной коллегии журнала «Саратовский научно-медицинский журнал», член редакционного совета «Бюллетень медицинских интернет‐конференций», член редколлегии «Аспирантский вестник Поволжья» (Самара), член редакционной коллегии журнала «Наука и инновации в медицине» (Самара), член Российского общества хирургов. Почетный член общества хирургов Пензенской области им. С.В. Кульчиева.
В настоящее время на кафедре также работают: докт. мед. наук, профессор Ю. В. Чалык; докт. мед. наук, доцент С.Е. Урядов, канд. мед. наук, доцент В. Ю. Климашевич; канд. мед. наук, доцент Н. Ю. Стекольников; канд. мед. наук, доцент А. В. Беликов; канд. мед. наук, доцент П.А. Селиверстов; канд. мед. наук, доцент Р. Х. Хильгияев; канд. мед. наук, ассистент Е.В. Зяблов, ассистент Е.А. Скрипаль, ассистент Э.А. Мамедов; ассистент И.А. Халеев; ассистент А. С. Дубаков; ассистент А.А. Кузяева, ассистент И.А. Ионкина ; ассистент В.В. Ашевский, старший лаборант В. П. Харитонова.
Сотрудники кафедры общей хирургии продолжают те направления научных исследований, которые были заложены еще ее основателями. Прогресс науки позволил продолжить развитие научных исследований на новом уровне, неразрывно связанном с внедрением новых хирургических технологий в практику здравоохранения. Основным научным направлением кафедры служит "Хирургическая тактика при заболеваниях брюшной полости". В это направление входят проблемы гастродуоденальных кровотечений, панкреонекроза, сохранения селезенки при ее травме, а также использования лазеров и гипербарической оксигенации в хирургии. Продолжается изучение предрецидивного синдрома, идея и понятие о котором впервые в хирургии предложены на кафедре. Для реализации идеи совместно с сотрудниками СГУ разработано и изготовлено 2 варианта, не имеющего аналогов зонда-детектора диагностики рецидива раннего гастродуоденального кровотечения. Разработана компьютерная программа, позволяющая в ранние сроки заболевания дифференцировать деструктивный и отечный панкреатит, а также прогнозировать вариант клинического течения панкреонекроза, что позволило коренным образом изменить хирургическую тактику при панкреонекрозе. В 2006 году сотрудниками кафедры выигран грант "Фонда Бортника". В 2008 году на первой Саратовской ярмарке медицинских технологий авторский коллектив кафедры награжден бронзовой медалью за проект "Аппаратно-программный комплекс для диагностики и лечения предрецидивного синдрома при гастродуоденальных и язвенных кровотечениях". ООО "Медэлектроника" при кафедре общей хирургии подготовила 14 победителей конкурса по программе "У.М.Н.И.К." В настоящее время по этой программе реализуется 11 проектов, три из которых поводятся совместно с СГУ и СГТУ. Сотрудники кафедры принимали активное участие в разработке и технической поддержке сайта - электронной версии Саратовского научно-медицинского журнала, а также постоянно действующего сайта medkonfer.com. Сотрудники кафедры активно участвуют в разработке учебно-методических вопросов. Разработано 9 рабочих программ для студентов по четырем специальностям. Кафедра располагает в настоящее время всем необходимым для проведения учебного процесса на должном научном уровне. Этому служат изданные на кафедре методические рекомендации, учебно-методические пособия, монографии, а также сотни слайдов, фотографий (около 15000), видеофильмов (35), мультимедийных презентаций, наглядные пособия, учебный музей. Разработано 32 обучающие, а также тестовые комьютерные программы, ситуационные задачи с электронным компонентом. За комплекс обучающих программ кафедре было присуждено 1 место с награждением мультимедийным комплексом. Обучающие программы зарегистрированы в информрегистре. Учебные материалы кафедры представлены на познавательном портале университета и собственном сайте кафедры. При этом широко используется дистанционное тестирование обучающихся. Учебные помещения оснащены современным проекционным оборудованием: ноутбуками, мультимедийными проекторами, интерактивной доской. Оформлен центр по отработке практических навыков с помощью уникального комплекта муляжей, приобретенных руководством университета. Имеется компьютерный класс во 2-й больнице. Большая методическая работа проводится кафедрой по усовершенствованию подготовки по хирургии в клинической ординатуре. Разработаны рабочие программы для преподавания на постдипломном этапе (клиническая ординатура, эндоскопия) а также рабочая программа для аспирантуры. Все лекции для клинических ординаторов, студентов имеют мультимедийное сопровождение. В то же время всегда важным разделом работы кафедры была и остаётся воспитательная работа со студентами. Кафедра активно участвует в проведении учебной и производственной практики на 1 курсе, в производственной практике на 2 и 3 курсах.